Когда это нужно
Если у вас certbot работает в Docker, системный certbot становится бесполезным — он обновляет /etc/letsencrypt/, а Docker nginx смотрит в другую директорию.
Пошаговое удаление
1. Проверяем что есть в системе
# Проверяем cron задачи
sudo crontab -l | grep certbot
# Проверяем systemd таймеры
systemctl list-timers | grep certbot
# Проверяем установлен ли certbot
which certbot
2. Останавливаем и отключаем автозапуск
# Останавливаем таймер
sudo systemctl stop certbot.timer
# Отключаем автозапуск
sudo systemctl disable certbot.timer
# Проверяем что отключился
systemctl list-timers | grep certbot
# Должно быть пусто
3. Удаляем certbot
# Удаляем certbot и зависимости
sudo apt remove certbot -y
sudo apt autoremove -y
# Проверяем что удалился
which certbot || echo "Certbot удален"
4. Проверяем Docker certbot
# Убеждаемся что Docker версия работает
docker compose ps | grep certbot
# Смотрим логи
docker compose logs certbot